W naszym nadleśnictwie powołano sześć  stref  ostoi, miejsc rozrodu  i regularnego przebywania rzadkich gatunków ptaków objętych ochroną gatunkową: orlika krzykliwego oraz cietrzewia.

Orlik krzykliwy (Aquila pomarina). Zwartym zasięgiem obejmuje wschodnią część kraju, izolowany obszar lęgowy znajduje się także w północno-zachodniej Polsce. Liczebność całkowita szacowana jest na 1800-2000 par (Sikora 2007 ).Na terenie OSO Puszcza Knyszyńska w 2011 roku stwierdzono 55 rewirów, a liczebność oszacowano na 55-56 par. Orlik najczęściej zasiedlał lasy wilgotne w pobliżu ekstensywnie użytkowanych łąk w obrębie dolin rzecznych. Niewielka część ptaków gniazduje również na suchych siedliskach borowych. Gniazda budują najczęściej na świerkach, w bliskiej odległości od skraju lasu.

Cietrzew (Tetrao tetrix). Gatunek bardzo szybko zanikający w całym krajowym zasięgu. Utrzymuje się jeszcze miejscami w południowej i wschodniej Polsce.  Obecnie wielkość populacji kształtuje się na poziomie 900 kogutów. Na całym obszarze Puszczy Knyszyńskiej w 2011 roku wykryto 13 samców. Jednym z ostatnich  rejonów występowania tego gatunku są tereny przygraniczne, gdzie znajdują się rozległe zalesienia na gruntach porolnych z brzozowymi zapustami i niewielkimi zabagnieniami. Przyczyny zaniku tego gatunku w Polsce są bardzo  złożone. Najważniejszą chyba jest utrata siedlisk w wyniku zarastania, przesuszenia lub eutrofizacji jak i  wzmożona presja drapieżników.  Nadleśnictwo w ramach realizowanych projektów wykasza nieużytkowane rolniczo łąki w celu poprawy biotopu tego pięknego kuraka.