Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:

• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,
• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i  zwierząt.

Podstawą wyznaczania obszarów Natury 2000 są kryteria naukowe. Na terenie kraju obecnie są wyznaczone 144 obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) i 823 obszary ochrony siedlisk (SOO), w tym 364 obszary mające znaczenie dla Wspólnoty. Pokrywają one prawie 20 proc. powierzchni kraju. Większość obszarów naturowych powstała na terenach leśnych. Stanowią one 40 proc. gruntów w zarządzie PGL LP, zajmują ponad 2,8 mln ha.

Zasięg obszarów Natura 2000 na terenie Nadleśnictwa Krynki w dużej części pokrywa się z zasięgiem Parku Krajobrazowego Puszczy Knyszyńskiej i częściowo jego otuliny, obejmuje jeden obszar Dyrektywy Ptasiej oraz jeden Dyrektywy Siedliskowej.

Obszary Specjalnej Ochrony Ptaków (OSO) Puszcza Knyszyńska

 Występuje tu około 38 gatunków ptaków z Załącznika I do Dyrektywy, a 14 spośród z nich znajduje się w Polskiej Czerwonej Księdze Zwierząt. Ostoję zasiedla przynajmniej 1% krajowej populacji błotniak łąkowego, zbożowego, trzmielojada, orlika krzykliwego, gadożera, bociana czarnego, puchacza, włochatki, dzięcioła białogrzbietego, dzięcioła trójpalczastego czy też wymierająca populacja cietrzewia.

Obszary Specjalnej Ochrony Siedlisk (SOO) Ostoja Knyszyńska

Na terenie ostoi stwierdzono 12 rodzajów siedlisk przyrodniczych cennych z punktu widzenia Europy m.in. bory i lasy bagienne. Teren charakteryzuje się bogatą florą , występuje tu 6 gatunków roślin cennych dla ochrony przyrody w Europie m.in. rzepik szczeciniasty, dla którego Ostoja Knyszyńska jest jednym z najważniejszych miejsc występowania w Polsce. Puszcza jest ostoją 43 gatunków zwierząt cennych dla zachowania dziedzictwa przyrodniczego oraz jedynym w Polsce znanym stanowiskiem  motyla-modraszka eroides.